公司进行个税申报后，在扣缴税款前，可以直接对个税申报的数据进行更正，在自然人申报管理系统，点击申报查询，查询对应期间的申报数据，然后点击更正按键即可进行更正，但是如果已经扣税的，则需要去税务局大厅进行更正申报。